Alex Mercer egy átlagos emberke. Volt valamikor. Aztán jött a gonosz kormány, mindenféle pimaszságot művelt, minek hála romokban hever a város, a népek zombik lettek, a hadsereg pedig lő mindenre ami mozog. Röviden ilyesmi a Prototype.
Alex Mercer-t viszon hiába próbálják kicsinálni. Ő ugyanis Pókembert megszégyenítő módon futkos a falakon, ereje vetekszik Superman-ével, és ha minden kötél szakad, képes az ellenség bőrébe is belebújni. Szó szerint. Brrr. De azért akarom. Alant egy kis E3 finomság, melyben láthatjuk, hogyan is teszünk rendet nem is olyan sokára.