Harkányi Endre 1934. március 26-án született zsidó családban, Budapest nyolcadik kerületében. A szüleit a háború alatt elvesztette, miután anyját deportálták, apja pedig betegen tért haza az ukrajnai munkaszolgálatból, amibe röviddel később belehalt. Az akkor 10 éves Harkányi Endre egy csillagos házban élte túl a holokausztot. Az árva gyermek később önmagát alakította az 1947-ben készült Valahol Európában című, háborús árvákról szóló filmjében.
A rokonainak kívánalmaival ellentétben Harkányi Endre jelentkezett a Színház- és Filmművészeti Főiskolára, ahová felvették, és ahol 1957-ben diplomáját is megszerezte. Röviddel ezután a debreceni Csokonai Színházban lépett színpadra (1957-1960), majd három évvel később a budapesti Petőfi Színházhoz szerződött. A karrierje innen indult be igazán: játszott a Vígszínházban, a Mikroszkóp Színpadon és a József Attila Színházban is. Még '84-ben visszatért a Vígszínházhoz, ahol '93-ig a társulat tagjaként dolgozott. Egy évig a Művész Színházhoz szerződött, de azt követően visszatért a Vígszínházhoz, ahol 2015-ig maradt.
Szinkronszínészként Louis de Funés-nek, és Danny de Vitónak is kölcsönözte hangját. Részt vett a Futrinka utca bábsorozat készítésében, a Vízipók csodapókban (ő volt a Keresztes pók), a Mézga családban pedig Mézga Géza hangját adta. Munkásságát 1962-ben Jászai Mari-díjjal, 1982-ben a Magyarország Érdemes Művésze díjjal, 2004-ben az Ajtay Andor-emlékdíjjal, 2005-ben a Magyarország Kiváló Művésze díjjal, és 2010-ben a Kossuth-díjjal hálálta meg a hazai kultúrtörténelem.
Harkányi Endre 2025. januárjában egy esés miatt combnyaktörést szenvedett, és kórházba került, ahol megműtötték. A színész 90 éves korában hagyott itt bennünket, nyugodjék békében.