1994 és 1996 között jelent meg Macintosh-ra, majd később Windows, ill. Linux alapú PC-re a Marathon trilógia (Marathon, Marathon 2: Durandal és Marathon: Infinity). Csupán a szerencsétlen platformválasztásnak köszönhető, hogy nem emelkedett a Bungie már akkor olyan magasságokba, mint az id Software a Doommal, vagy a 3D Realms a Duke Nukem 3D-vel.
Pedig a játékok szokatlanul kidolgozott történettel rendelkeztek. Az első rész a Tau Ceti IV körüli pályán haladó U.E.S.C. Marathon űrhajó fedélzetén játszódott 2794-ben. Játékosként a nem túl békés szándékú Pfhor faj inváziós törekvéseit kellett megakadályoznunk, a hajó legénységét és a telepeseket megvédenünk, miközben a Durandal névre keresztelt MI is jól megkeveri a szószt.
A második epizódben 17 évvel később Durandal tervei szerint a Pfhor ellenségeit kell megtalálnunk és harcba hívnunk, mielőtt armadájuk megindulna a Föld felé.
A trilógia záró felvonás több idősíkon keresztül küzdve az eredeti konfliktus kirobbanását kell megakadályoznunk.
Karácsony közeledtével úgy döntött a Bungie, hogy nekünk, játékosoknak ajándékozza a teljes trilógiát némileg feljavított grafikával, online co-op, online multiplayer, OpenGL shader, modern egérnézet, valamint gamepad támogatással. Ezen felül a ráncfelvarráshoz használt nyílt forráskódú Aleph One motort is letölthetjük, ha magunk is bütykölnénk valamit a Marathonon.
