Ugyan mostanra a Metal Gear Solid a játékipar egyik legfontosabb sorozata, 2001-ben ez még nem feltétlenül volt így. Sok múlott az akkori epizódon, és Kojima mindent bele is adott, hogy az addigi legjobb Metal Geart tehesse le az asztalra. Aztán elérkezett 2001. szeptember 11. és vele együtt egy felfoghatatlan tragédia.
A terrortámadást követően a teljes szórakoztatóipar lefagyott, majd kapkodva munkának látott, hogy a készülő, vagy már teljesen kész, de a bemutatásra váró alkotásokból eltakarítsa a kényesebb elemeket. Így volt ez a PS1-es Spider-Man 2-vel is, aminek végső csatájára a World Trade Center tetején került volna sor. Az MGS 2 viszont ennél is nagyobb bajban volt.
A Metal Gear Solid 2-ben szerepelt az Arsenal Gear, ami egy hatalmas, tengeralattjáró erőd. A játék egyik jelenetében még azt láthattuk, ahogy átszeli az óceánt, a másikban pedig már azt, hogy New York romba dőlt épületei között hever. Ez csak egyike volt a problémás jeleneteknek, amiket azonnal el kellett takarítani a játékból 9/11 után.
A Weekly Toyo Keizainak adott interjújában Kojima mesélt a helyzetről.
"A játék tematikái és rengeteg hasonlósága a valós eseményekhez egyszerűen lehetetlenné tették a megjelentetését. A jogászokkal folytatott konzultáció után arra jutottunk, hogy az MGS 2-t 300 helyen kell átalakítani. Mondanunk sem kell, hogy azonnal krízishelyzet állt elő, és kétséges volt, hogy ki tudjuk-e adni egyáltalán a játékot."
A sorozat jövője forgott kockán, olyannyira, hogy Kojima még arra is készen állt, hogy lelépjen a cégtől a helyzet miatt. Egy napon behívták a vezetőség elé, ahol el kellett magyaráznia a Metal Gear Solid 2 teljes történetét.
"Végignéztél az arcokon, és azt láttad, hogy 'ez nem lesz jó'. Úgy voltam vele akkor, hogy a játékot most nem kellene kiadni. Készen álltam vállalni a felelősséget és lemondani helyemről a cégben."
Tulajdonképpen két személynek köszönhetjük, hogy Kojima maradt a Konaminál. Az egyik a Sony Computer Entertainment akkori főnöke, Ken Kutaragi volt, aki annyit fűzött az egészhez, hogy "neked semmi okod a szégyenkezésre, add csak ki a játékot". A másik Kagemasa Kozuki, a Konami alapítója volt.
"Ő azt válaszolta a kételyeimre, hogy 'megfontoltam, és szerintem ki kellene adnod'. A szavai felbátorítottak, és én is meghoztam a döntésemet."
A játékot persze csúsztatni kellett néhány héttel, de a Metal Gear Solid 2 végül 2001 novemberében megjelent. Mind a kritikusok, mind a játékosok imádták, ami a lehető legjobb befejezése volt ennek a történetnek.
