A fenn maradt írások szerint, valamikor 2100 közepén egy hatalmas természeti katasztrófa otthona lesz planétánk. A északi és déli jégsapkák teljesen elolvadnak, amely hatására a Mississippi folyó kilép medréből és két részre szakítja az Egyesült Államokat. Az ökológiai katasztrófa, ami a "Nagy Áradás" néven került be a történelem könyvekbe az USA területének jelentős részét lakhatatlanná tette és az éppen uralmon lévő kormány két külön szövetségre szakította szét az országot. Keleten megalakul az Atlanti Szövetség, Európa nagy szövetségese, akik szerint a kibernetikában rejlik a jövő és a túlélés lehetősége, így a már közel 150 éve létező technológia gyorsütemű fejlesztésébe vágnak. A túloldal, azaz a nyugati régió ázsiai szövetségesekre tesz szert és Csendes Köztársaság néven alakítanak új országot. Szerintük a genetikában rejlő lehetőségeket kellene jobban kutatni, ugyanis csak így lenne esélye az emberiségnek újra benépesíteni a Földet.
Az első komolyabb konfliktusra valamikor 2161-ben kerül sor, amikor az újonnan megválasztott elnök a nem engedélyezett katonai előkészületek hírére csapást rendel el a kiszáradt San Francisco-öböl ellen. Itt csöppenünk mi bele a sztoriba Mason Briggs személyében, akire komolyabb feladatot szab a kormány.
A közel nyolc perces videóban a játék feljesztői szólalnak meg, akik leginkább a Fracture legnagyobb újításáró zengenek ódákat, miközben in-game jelenetek garmadáját leshetjük.