Az Alien: Isolationnel a legendás filmek által ihletett játéksorozat is újra a csúcsra ért, viszont a túlélőhorror játékmenete által támasztott kihívás akadt, akinek frusztráló volt. A Creative Assembly ezért két új nehézségi módot adott a játékhoz, hogy mindenki a neki leginkább megfelelő mértékben életveszélyes kalandra indulhasson.
A Novice nehézség mostantól a legkönnyebb, ahol még több erőforrást és nyersanyagot találunk majd a Sevastopolon, az ellenfeleket is könnyebben gyűrhetjük majd le, ahogy az Alien mesterséges intelligenciája is úgy lett finomhangolva, hogy könnyebben megússzuk a vele való találkozást.
Aki eddig túl könnyűnek találta volna a játékot, annak ideális lehet skála másik végére bekerült Nightmare fokozat, ami a fentieknek mindenben a tökéletes ellentéte. Az androidok és az emberi túlélők nagyobb veszélyt jelentenek, míg az utóbbiaktól lőszert sem szerezhetünk majd. Az agresszívebb és gyorsabban alkalmazkodó Alien mellé sok más nehezítés társul, például a mozgásérzékelőnk meghibásodása, ami torzult jelet mutat és így megbízhatatlan információt ad, vagy például a HUD több részének eltüntetése.
Ha ez sem lenne elég, hamarabb fogsz kifogyni a lángszóróba való üzemanyagból, és még az állomás térképeit sem tudod megnézni. A két új nehézségi fokozatról, folytatva a retro-futurisztikus vonalat, ami a játékban is elég erősen jelen van, készítettek egy-egy, a '70-es évek sci-fi filmjeit idéző posztert is.