Nagyon úgy tűnik, hogy hiába tetszik a Super Mario 64 HD a rajongóknak, a régi Nintendo 64-re fejlesztett cím modern köntösbe ágyazásának befellegzett. A projekt ugyanis a Nintendo ügyvédei szerint jogsértő és példát kell statuálni annak érdekében, hogy a jövőben ne forduljon elő ilyesmi.
Mi ennek nem igazán örülünk, inkább sajnáljuk a dolgot, mert jól sikerült a remake. Eric Ross is így érezhet most, ugyanis a Nintendo megkezdte a projekt letöltési helyeinek az eltávolítását, már Ross saját oldalán sem érhető el az anyag. Emberünk csak az első pályát keltette életre az ingyenes Unity motor használatával, de már ez sem tetszett a Nintendonak, szerintük Ross jogsértést követett el azzal, hogy audiovizuális anyagot, programkódot, zenét vagy fikcionális karakterábrázolást használt fel az eredeti matériából. Ross bevallása szerint Mario, Goomba és Power Star animációt a Super Mario Galaxy-ból emelte át, a többit saját maga készítette, illetve a hangok jelentős része létező Mario játékokból lett kivágva, a maradékot pedig a freesound.org weblapon található mintákból alkotta meg.
Valószínűnek tartjuk, hogy a hanganyag és az animáció felhasználás lehetett az, ami kifogásolható volt a Nintendo embereinek, bár Ross kiemelte, hogy a böngészőkben indítható HD remake nem használható fel eladási szándékkal, mivel a Mario név a Nintendo tulajdona. Ők viszont egyelőre nem nyilatkoztak az eset részleteivel kapcsolatban.