Az Project Origin története nem sokkal később, egészen pontosan harminc perccel azelőtt kezdődik, hogy Alma végső nagy csapására készülne. Michael Becket a Delta Force egyik tisztje valamint csapata azt a feladatot kapja, hogy tartóztassa le az előző rész egyik legfontosabb háttérkarakterét, Genevieve Aristide-ot. A küldetés természetesen nem megy majd zökkenőmentesen, valami balul sül el és Becket egy kórházi műtőasztalon tér magához, majd rövidesen felismeri, hogy szuperképességek birtokába került. Nem tudni, hogy az ezúttal már névvel is rendelkező főszereplőnk hogyan keveredett ide, annyi biztos, hogy valamilyen módon muszáj fényt derítenie a kiesett időszak alatt történtekre. Mindeközben Alma tovább folytatja mértéktelen dühéből eredő őrjítő és mindent elpusztító bosszúhadjáratát.
