Nathan Spencer éveken át a kormány szolgálatában állt, azonban koholt vádak alapján halálra ítélik. Az ítélet végrehajtásának napján terroristák egy maroknyi csoportja egy kísérleti fegyverrel hatalmas robbanást okoz, mely az egész várost a porig rombolja, azonban Nathan bionikus karjának köszönhetően könnyedén mozog a romok között. Az a kormány, mely korábban halálra ítélte, a segítségét kéri.
A Capcom az 1988-as NES-re megjelent Bionic Commandót kelti életre, mely a mai kornak megfelelvén multiplatform lesz. A GDC-ről levadászott videók pedig egy egész pofás alkotás benyomását keltik.
