Az Alpha Protocol nem aratott osztatlan sikert, és ezt a fejlesztők is érzékelik. Feargus Urquhart egy interjúban beismerte, hogy voltak olyan részei a játéknak, amiket jobban csinálhattak volna.
Negatívumként említette például a fedezékrendszert, de elismerően nyilatkozott többek között a történetről és a karakterekről. Elárulta, hogy ugyan nem készítik jelenleg az Alpha Protocol második részét, de szívesen fogna bele annak fejlesztésébe, és hiszi, hogy az jobban sikerülne. Az Obsidian jelenleg a Dungeon Siege III fejlesztését végzi, és a napokban adták ki a Honest Hearts DLC-t a Fallout: New Vegas-hoz.